玛尔巴传授“喜金刚”[67]、“密集金刚”、“大手印”[68]等密法，并全力投入梵典汉译的工作。他以在家居士身份传法灌顶，门下弟子以米拉日巴[69]最为杰出，是藏传佛教史上著名的诗人圣者。米拉日巴的再传弟子冈波巴[70]，其弟子分为四大派和八小派[71]，其中，都松钦巴所创立的噶玛噶举派，即第一世噶玛巴[72]，以活佛转世的方式传承此派，至今已转世至第十七世，从二世开始为忽必烈之师，乃至十世皆为元朝皇帝的教授师。
噶举派的教义传承自应成派《中观论》[73]，最主要的教法是“大手印”法，并着重将生活中的不顺遂视为修道的“助缘”，主张于逆境中磨练意志，以增长学法的信心。
三、萨迦派（花教）
公元1073年，萨迦派的教主贡却杰布[74]，在后藏仲曲河谷的萨迦地方，以所建的萨迦寺为名，成立此派。此派寺院墙上绘有象征文殊、观音与金刚手菩萨[75]的红、白、蓝三色花纹，因而又名“花教”。
萨迦法王与教主的继承，是采父子相传的家族传承方式世代轮替相承。萨迦四祖萨班·贡噶坚赞曾应元帝忽必烈召请入朝，被尊为帝师，著有《萨迦格言》，流传至今。萨迦五祖八思巴，亦被元朝尊为帝师，册封为“大宝法王”，并委以全藏的统治权，萨迦派因而盛极一时。随着元朝政治的衰微，萨迦派在西藏的地位也受到重大的影响，但其教义仍然流传至今。