王之春即与法国驻渝领事和川东主教协商，取得后者同意后，开始部署兵力攻剿，于1899年1月2日电告总理衙门：“抚法已穷”，只有攻剿，因“外人必以司铎启衅，捷于影响，当必与之订明，事后不致图赖”。总理衙门即于6日照会法国公使毕盛，声明“非剿更无良策”，“用兵之后，两铎若有伤亡，势万不能兼顾，为此先行知照”。毕盛复照表示同意以武力解决，但仍然强调“惟事完后，不论遇何景况，自应以巨补报相酬”，为日后谈判预留地步。
1月中旬，王之春调集大量清军，合力围攻龙水镇。因众寡悬殊，余栋臣被迫率部转移西山，途中华籍教士黄用中被民军所杀。余栋臣见败局已定，便致书王之春表示接受招抚，于1月19日将华芳济释放。清廷此时仍然倾向招抚，于20日电谕奎俊：“此事关系川省全局，倘得以招抚结案，保全实多。”接到余栋臣求抚及华芳济获释的确切消息后，清廷又再次谕示奎俊：“速妥筹办，以消反侧而靖人心。"1月底，余栋臣、蒋赞臣向清军投降。王之春奏请将余栋臣处死，清廷以为“杀之不武，不如赦之，以昭大信”，希图缓和官民矛盾、民教矛盾。后将余栋臣押至成都永远监禁，蒋赞臣被送西安军营服役。此后，四川地方官与法国主教议结此案，共赔银1186100两。