年羹尧已经伏法,可是隆科多还未死。雍正皇帝正准备向隆科多兴师问罪,凑巧,都察院上了一本,弹劾隆科多,说他私受年羹尧金八百两,银四万两干二百两,庇护了年羹尧,干扰了对年的审讯,罪应革职。雍正皇帝遂削去隆科多的太保头衔,着即遣送阿兰善山,修城垦地。不久,刑部上奏,弹劾隆科多私藏玉牒。这玉牒是皇家宗谱,收藏在宗人府衙内。如果需要翻阅玉牒,得先经过皇帝的批准,然后沐浴焚香,才能取出阅读;隆科多居然收藏在家,当然犯下了大不敬罪。雍正皇帝以此为据,着令缇骑从阿兰善山把隆科多逮捕归案,交由顺承郡王锡保密审。锡保奉旨,知道胤禛的意思是要收拾隆科多,便于草草审问后,将隆科多押回监狱,听候圣裁。
不久,诸王大臣经多次审议,议定隆科多犯有四十一大罪。其中大不敬罪五件,紊乱朝政罪三件,欺罔罪三件,奸党罪六件,不法罪七件,贪婪罪十七件;奏请皇上立即处斩隆科多,将其妻子收官为奴,没收其财产。雍正帝见奏,假惺惺地表示念其前功,特加圣恩,免予正法;命令在畅春园外附近空地造房三间,将其永远禁锢;家中财产尽收入官,长子岳兴阿革职,夺去世爵,次子玉柱遣送黑龙江为奴。隆科多遭此厄难,心情抑郁成疾,于雍正六年(1728年)死于禁所。