年羹尧已经伏法，可是隆科多还未死。雍正皇帝正准备向隆科多兴师问罪，凑巧，都察院上了一本，弹劾隆科多，说他私受年羹尧金八百两，银四万两干二百两，庇护了年羹尧，干扰了对年的审讯，罪应革职。雍正皇帝遂削去隆科多的太保头衔，着即遣送阿兰善山，修城垦地。不久，刑部上奏，弹劾隆科多私藏玉牒。这玉牒是皇家宗谱，收藏在宗人府衙内。如果需要翻阅玉牒，得先经过皇帝的批准，然后沐浴焚香，才能取出阅读；隆科多居然收藏在家，当然犯下了大不敬罪。雍正皇帝以此为据，着令缇骑从阿兰善山把隆科多逮捕归案，交由顺承郡王锡保密审。锡保奉旨，知道胤禛的意思是要收拾隆科多，便于草草审问后，将隆科多押回监狱，听候圣裁。
不久，诸王大臣经多次审议，议定隆科多犯有四十一大罪。其中大不敬罪五件，紊乱朝政罪三件，欺罔罪三件，奸党罪六件，不法罪七件，贪婪罪十七件；奏请皇上立即处斩隆科多，将其妻子收官为奴，没收其财产。雍正帝见奏，假惺惺地表示念其前功，特加圣恩，免予正法；命令在畅春园外附近空地造房三间，将其永远禁锢；家中财产尽收入官，长子岳兴阿革职，夺去世爵，次子玉柱遣送黑龙江为奴。隆科多遭此厄难，心情抑郁成疾，于雍正六年（1728年）死于禁所。