战役进行几个月后，新会城中军民只能掘鼠捕雀为食，或以浮萍草履充饥。到了腊月，清军仍不愿投降，反而下令屠杀百姓为食，“略人为餔食，残骼委地，不啻万余”。新会一战后，城中“饥死者半，杀食者半，子女被掠者半”，犹如人间地狱。
南明的其他军队始终没来支援，而清朝的援军已陆续攻占李定国此前收复的两广州县。李定国进退失据，只好再次退兵。从此，李定国再无力东进。
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随着收复广东，联合东西各军的计划功亏一篑，李定国知道，南明各军根本无法团结一致，共同抗敌，但更让他心寒的是兄弟阋墙。大西军四将军中，艾能奇早在1647年进攻云南，就为当地土司的毒箭所杀。占据云贵后，刘文秀与李定国常年带兵在外，在各地与清军作战。
孙可望一向嫉贤妒能。刘文秀在四川方面的作战不如李定国顺利，取得几次胜利后反被吴三桂击败，只好率残军退回贵州。孙可望趁机解除刘文秀的兵权，送他到昆明软禁。刘文秀打了败仗，本就郁闷，只想一个人静静，没想到大哥如此绝情，竟然直接把他撤职了。
孙可望更忌惮的是李定国，他对这位能征善战的二弟一向很不友好。1648年，大西军还在向云贵进军时，孙可望就亲手策划了演武场事件。