为延缓清军的追击，噶尔丹派一个喇嘛向清军求和。福全连忙向康熙帝禀报。康熙帝叫传令官赶快传达命令：“火速追击！”可是就在清军等候康熙帝命令的时候，噶尔丹跑了。他带着残兵败将取道大兴安岭逃回漠北。
噶尔丹在漠北招兵买马，重整旗鼓，企图卷土重来。康熙帝派使者去邀请他来讲和，订立盟约。噶尔丹不但拒绝南下，还将使者杀害了。他带着三万骑兵，并扬言从沙皇俄国借了六万鸟枪兵要再杀向北京，争夺皇帝的宝座。他的奸细还潜入漠南，制造谣言，煽动叛乱。
康熙帝于是决定第二次亲征噶尔丹。他率十万大军，兵分三路：东路由黑龙江将军萨布素率领；西路由大将军费扬古率领，任务是切断噶尔丹的后路；中路由康熙帝亲自统帅。
康熙帝的大军一直追到噶尔丹的大营前。噶尔丹听士兵报告说康熙帝挂帅亲征，已经到了大营前，他还不相信。等他跑上山头眺望，只见清军军纪严明，兵强马壮，康熙帝的黄色龙旗迎风飘扬。他知道自己不是对手，便拔营西逃。康熙帝乘势追击，并通知费扬古率西路军截击叛军。