突尼斯的穆斯林占全国人口的95%以上,伊斯兰教的影响很大。布尔吉巴是一位受西方文化影响很深的世俗主义者,他坚决实施严格的政教分离的政治制度,不允许宗教人士干预政治,禁止电视屏幕上出现宣传宗教活动的画面。
20世纪80年代以后,在伊朗宗教领袖霍梅尼的伊斯兰革命的鼓动下,突尼斯的伊斯兰复兴运动急剧发展,他们要求社会伊斯兰化或建立神权政体,多次发动反对政府的暴动。1987年2—3月,伊斯兰原教旨主义者在大学校园内煽起暴力行动。政府采取镇压措施,并以伊朗支持突尼斯暴力集团为由断绝两国外交关系。布尔吉巴还命令在全国范围内逮捕伊斯兰极端分子和他们的领袖。
对一个伊斯兰国家来说,对宗教骚动事件应采取慎重的行动,但布尔吉巴却坚持杀不饶赦的主张,命令法庭判处30名伊斯兰极端分子死刑。布尔吉巴拒不听取本·阿里总理和党政要员们要求以政治方式缓解宗教问题的建议,引起许多穆斯林的不满。不少突尼斯人支持伊斯兰原教旨主义者的主张,进一步促进了伊斯兰极端组织的暴力行动,突尼斯陷入了一场政治危机。
突尼斯有识之士早就指出授予布尔吉巴终身总统的危害性,认为这位有过丰功伟绩的民族领袖已迈入年老昏庸、固执专横的阶段,对突尼斯的社会发展已起阻碍作用,应该让位给新的一代。不少突尼斯人对本·阿里总理怀有好感,认为他为人通达,处政谨慎,是一位能控制局势的人物。本·阿里1987年10月任政府总理兼内政部长、社会主义宪政党总书记,他反对用镇压手段压制不同政见者,主张应开放党禁,用对话而不是用对抗的方式处置社会矛盾,以消解社会冲突。然而本·阿里知道,他本人及以前几届总理处理国事的种种务实主张,在思想僵化的布尔吉巴总统面前是通不过的,解决的办法只有一个,让他及时退休。