杜洪涛先生有《〈明史·黄龙传〉考辨》一文，论《明史》对于黄龙事迹所载之误，《明史》言黄龙被“拥之至演武场，折股去耳鼻，将杀之”，恐亦夸大其词。若黄龙确被削去口鼻，必然威信全失，无法再指挥军队，只能由朝廷调回，此后又如何参与平定吴桥兵变及在旅顺练兵？
索饷事件，幕后主使应是沈世魁，却杀了耿仲裕等人顶缸。沈世魁与黄龙达成和解，据说沈世魁还把自己的女儿（原毛文龙小妾）又送给了黄龙做妾。在兵变平息后的上疏中，黄龙将沈世魁列为平叛有功人员之首。
当然，在东江颇有影响力的尚可喜及其族人在乱事中支持黄龙，大抵是沈世魁不敢把事情做绝的原因。黄龙刚到皮岛时骄横跋扈，瞧不起东江诸将，甚至还有贪污索贿的劣迹，但吃了这一惊险也变得谨慎起来，与沈世魁小心相处。
但在山东的耿仲明无故被杀了弟弟，怎肯善罢甘休？遂与野心勃勃的李九成一起煽动孔有德作乱。